申办本科学院，是常熟高等专科学校抓住机遇，加快发展，打实基础的同时，主动适应本地区经济和社会发展需要的战略性选择。学校制订的“九五”规划适时提出，以创造示范性高专提高学校办学水平，以发展师范本科提高办学层次，建成本科师范学院。

从1997年起，学校和省教育主管部门、地方政府开始探讨学校多个途径升格的方案。1997年3月12日，在党委办公会议上李椿书记传达省教委有关学校升格的意见，省教委积极支持学校升为本科院校，目前的任务是练好内功，打好基础，以本科要求积极做好各方面准备工作。1998年2月省教委调整学校董事会，3月3日召开新一届学校董事会，冒瑞林副主任指出，学校所在苏南地区社会需求高，必须提高层次。要坚持综合性高校，搞好非师范，同时师范也不能丢。1999年10月，新任学校董事长、省教委副主任祭彦加在董事会上提出，学校如果与苏州大学联合办学，可以作为苏州大学的分校或校区，但也不排除学校结合苏州地区高等专科教育和师范教育资源统筹考虑、统一配置。至2002年初，全国高校大规模合并工作告一段落。2月10日，教育部副部长章新胜到常熟视察，在听取李椿书记汇报学校发展情况后说，国家需要办好技术学院，常熟市要办一所工科大学。2月18日，苏州市委书记陈德铭在听取李椿书记和许霆校长汇报学校发展情况后，主张学校单独办或与国外学校联办。

2002年3月，在省教育主管部门和地方各级政府的大力支持下，学校提出独立升本的申请。根据施教区经济建设对本科应用人才培养的迫切需求和教育现代化对本科教师教育人才培养的迫切需求，学校的定位是，立足苏南，面向全省，建设一所以理工为主、以应用技术和教师教育为特色的多科性本科院校；贴近地方，服务地方，与本地区高度发达的区域经济和社会事业互动发展。学校提出以调整促发展，以服务地方求支持的申本对策：①确立三种意识。一是创新意识，更新教育理念，形成学校发展规划；二是特色意识，与其它高校错位发展，建设特色专业、品牌专业和优势专业，探索新的人才培养模式，建设有特色的校风；三是经营意识，充分利用内外资源，发挥自身潜能，寻求共建合作、校地合作、校企合作、校校合作、国际合作，走多层次、多元化的办学新路。②结构调整。传统专业（理科、人文）控制规模，提高层次，创建品牌，辐射全校；应用专业扩大规模，提高层次，构建新的办学模式，错位发展。③在社区教育大背景下发展成教。与我国正在加快建设的严格的劳动准入制度和职业资格制度相适应，与本地区正在积极推进的学习型社会建设和终身教育示范区建设相适应。④把提高教育质量作为全校师生关注的焦点和各项工作的凝聚点。建立学生为本、社会检验的质量标准，重点从生源情况、就业情况、考研结果、学生评价和社会评价等硬指标方面来建立人才培养质量评价标准。学校提出发展规模：“十五”末全日制在校学生8000人左右，成教2500人左右；“十一五”末即到2010年，全日制在校学生达15000人（包括二级学院），成教5000人左右。3月18日，常熟市政府向省教育厅发出《关于将常熟高等专科学校独立设置为本科院校的情况报告》。4月16日，李椿书记、许霆校长向省教育厅王斌泰厅长、祭彦加副厅长汇报工作，王斌泰厅长表示，常熟高等专科学校可以在做好调研工作基础上申报独立设置为本科院校。4月18日至19日，李椿书记、许霆校长和常熟市委戈炳根副书记到北京中央党校向主管教育的江苏省副省长汇报学校单独升本的理由和学校已具备的条件，主管副省长表示同意学校单独升本。5月20日，李椿书记应邀参加南京大学100周年校庆时向到会的教育部长陈至立提出学校独立升本的请求，陈至立部长同意学校先申请，调研后再作决定。经省教育厅联系，5月22日，教育部发展规划司牟阳春司长来学校视察，对学校办学给予高度评价，同时指出学校不能一校两区，校园必须整合，一校一址。于是，学校作出扩大征地建设东湖校区的决定。6月13日，江苏省副省长、苏州市委主要领导来学校视察，对学校的校园环境建设、校园绿化、新区建设等予以高度评价，指出学校近年来发展得很好，学校发展思路很正确，符合全省及苏州市高等教育的发展规划；学校地处苏南高新产业区，升本后定名为常熟理工学院，对锡山、江阴、张家港等周边地区发展本科层次高等高职技术教育起到立交桥的作用；学校要建好建大，发展成为万人大学。江苏省副省长、苏州市委主要领导对学校东湖校区的地理位置很感兴趣，9月4日，江苏省教育厅与常熟市人民政府就常熟高等专科学校申办本科事宜协商，会议由省教育厅副厅长、学校董事长祭彦加主持，通过了江苏省教育厅与常熟市人民政府就常熟高专申办本科事宜的《会议纪要》，同意学校升为本科学院，定名常熟理工学院。9月5日至6日，受江苏省教育厅的委托，由原省教委副主任冒瑞林、省教育厅发展规划处处长朱卫国、原省教育厅高教办主任邱坤荣3人组成的专家组对学校进行考察，听取许霆校长关于学校申本情况的介绍，察看校区和新校区规划，查阅申报材料，观看实验室、教学设施，同意学校升为本科学院，定名常熟理工学院。9月16日，苏州市人民政府向江苏省人民政府递交了《关于要求将常熟高等专科学校独立设置为本科学院的请示》。9月25日，江苏省教育厅向江苏省人民政府递交了《关于在常熟高等专科学校基础上建立常熟理工学院的请示》。9月28日，江苏省人民政府向教育部发出《关于请同意建立常熟理工学院的函》。11月1日，江苏省发展计划委员会和江苏省教育厅联合下发《关于常熟高专东湖校区扩建可行性报告的批复》（苏计社发[2002]1247号），同意学校在东湖校区西南侧征地727亩进行校区扩建。

2003年1月24日，教育部发展规划司向江苏省教育厅发出《关于同意筹建常熟理工学院的通知》，同意江苏省人民政府关于常熟高等专科学校申办本科学院的请示，在常熟高等专科学校的基础上筹建常熟理工学院。3月4日，江苏省教育厅发出《关于筹建常熟理工学院的通知》：“你校及苏州市、常熟市人民政府关于在常熟高等专科学校的基础上，建立常熟理工学院的请示收悉，经研究并报省人民政府、教育部批准，同意在常熟高等专科学校的基础上筹建常熟理工学院。正式建立常熟理工学院，待条件具备后，提交全国高等学校设置评议委员会讨论评议后由教育部批准。希望你校在地方政府及有关部门的关心、支持下，进一步统一思想，振奋精神，团结一致，抓紧做好筹建常熟理工学院的各项工作，加快学校的总体规划和建设，特别要加强师资队伍和专业学科建设，尽快使学校的办学条件、办学水平及整体实力达到本科高校的标准和要求，以早日获准正式建立常熟理工学院”。3月6日，学校举行常熟理工学院（筹）揭牌仪式，江苏省人民政府副秘书长朱步楼、省财政厅副厅长张美芳、省教育厅副厅长祭彦加、常熟市委书记杨升华为常熟理工学院（筹）揭牌。3月6日，学校又召开董事会议，祭彦加董事长主持会议，要求学校按董事会议精神确定学校发展思路，制订发展规划，以常熟理工学院筹建挂牌为契机，加快做好校园、专业学科、师资队伍建设的整体规划和建设，既要有长远规划，又要落实好阶段性工作。当前要以升本为中心，统一思想，集中人力、物力，坚持改革、创新，做好各项工作，背水一战，确保一举通过升本。

筹建常熟理工学院过程中，学校得到地方的大力支持和帮助。6月4日，苏州市副市长朱永新等来学校就苏州市人大176号重点议案《关于加强常熟高等专科学校升本及加快发展的议案》进行现场办公。6月16日苏州市教育局印发《关于市十三届人大一次会议第176号建议的答复》（苏教办〔2003〕128号）：“苏州市政府将与江苏省教育厅签订协议，共建常熟理工学院，实现优势互补，共同发展。”7月9日苏州市政协主席冯瑞渡等领导视察学校，听取学校筹建情况汇报。8月31日，常熟市委书记杨升华在学校东湖校区召开现场办公会，要求常熟市有关部门解决东湖校区扩建工程高压线搬迁、煤石加油站搬迁等问题，确保学校一期工程建筑于2004年8月使用。9月28日，苏州市人大常委会主任周福元等视察学校，希望学校抓住筹建契机，明确目标，创出特色，发挥优势，拓展空间，为地方培养高级应用型人才。10月18日，学校举行常熟理工学院（筹）校区扩建工程奠基仪式，江苏省委副书记冯敏刚，苏州市委主要领导，江苏省教育厅副厅长祭彦加，苏州市政府主要领导，苏州市人大常委会主任周福元，苏州市政协主席冯瑞渡，苏州市委常委、市委秘书长徐国强，苏州市副市长江浩，常熟市委书记杨升华，常熟市人大常委会主任唐伟萱，常熟市政协主席王伟民等领导为工程奠基。

学校按照教育部发展规划司的要求，2003年制订了6个规划：①《常熟理工学院2003-2007年发展纲要》，明确学校办学定位和今后5年的发展目标、任务和思路；②《常熟理工学院筹建工作要点》，明确筹建工作的目标和宣传工作、制订规划、社会工作、新区建设、校风建设、迎评工作等6个方面任务；③《校园建设规划》，明确校园扩建规划，实施计划，第一期和第二期工程建筑安排和经费筹措；④《学科专业建设规划》，按照理工学院发展要求，适应本地区产业结构的调整和发展高新产业的需要，加强学科建设，逐步调整专业；⑤《师资队伍建设规划》明确指导思想、发展思路、主要目标、重点工作和主要措施等；⑥《科研科技工作规划》，明确指导思想、基本原则、工作任务和保障措施等。这6个规划对筹建工作和常熟理工学院以后的持续发展都有指导意义。

与此同时，学校召开5个工作会议：①1月10日，召开学校二届四次教代会，总结“十五”前期工作，部署“十五”后期工作，通报升本工作，并进行动员，对学校结构调整、专业建设、教学工作、队伍建设、科技工作、文明建设和管理改革等方面初步形成工作思路；②5月28日召开教学工作会议，修订《教师教学工作规范》、《教师教学质量评估办法》、《教学事故认定和处理办法》、《教学优秀奖评奖条例》、《课程改革和建设的若干意见》、《教学仪器设备管理办法》、《材料、低值品、易耗品管理办法》等教学工作制度；③7月18日，召开专业建设指导委员会会议，研讨学校《2003-2007年学科专业建设规划》（草案），对2003-2004学年教学计划进行论证；④11月5日，召开科研工作会议，制订《进一步加强科研工作的若干意见》、《科研成果评奖条例》、《科研奖励条例》、《科研工作量的管理办法》、《纵向科研项目管理办法》、《横向科研项目管理办法》等科研工作文件；⑤12月10日，召开师资工作会议，制订《2003-2007年师资队伍建设规划》和《教师职业道德行为规范》、《教师教书育人常规要求》、《教职工进修管理暂行规定》、《关于选拔校级中青年学术带头人培养对象的暂行办法》、《关于遴选学术带头人暂行办法》等师资队伍建设文件。这5个工作会议表明学校对建设常熟理工学院，办好具有自身特色的本科学校形成了整体办学思路、办学理念和建设规划。

2004年寒假期间，学校全力以赴做好迎接教育部专家组来学校评估考察的准备工作。1月31日，学校成立迎评工作小组，制订工作方案，明确分工，责任到人。2月6日党委召开中层干部会议，部署迎评工作。2月9日新学期开学，学校召开教师大会进行动员。

2004年2月15日至17日，受教育部委派，由原国家教委高教一司司长夏自强、教育部原计划建设司副司长李仁和、教育部原高教司副司长朱传礼、原河南省教育厅厅长王日新、浙江工业大学原校长吴添祖、华东师范大学规划办主任唐安国、教育部发展规划司院校处调研员王雪涛等组成的专家组来学校考察升本筹建工作。16日，学校举行常熟理工学院筹建情况汇报会，江苏省教育厅副厅长祭彦加主持汇报会，校长许霆向专家组汇报了学校筹建常熟理工学院的情况，阐述学校申办本科学院的理由以及建立本科学院的实施方案。专家组观看了电视片，审阅申本材料，实地考察了东湖校区的基建情况，对学校的图书资料、实验设施、教学设施、教学管理、学校办学成果、学生综合素质等详细考察。17日，专家组召开交换意见会议，专家组充分肯定学校筹建常熟理工学院的工作，表示支持学校申办本科。

2004年5月12日，教育部向江苏省人民政府发出《教育部关于同意建立常熟理工学院的通知》（教发函〔2004〕1019）：“根据《普通高等学校设置暂行条例》和全国高等学校设置评议委员会的评议结果，以及《关于同意筹建常熟理工学院的通知》，经研究，同意在常熟高等专科学校基础上建立常熟理工学院，同时撤销常熟高等专科学校的建制。”