1988年5月3日，国务院办公厅转发国家教委《关于推动联合办学和校际协作若干问题的意见》（国办发〔1988〕19号），国家控制中央部门和地方继续新建高等学校和专业，促进跨部门、跨地区联合办学，鼓励多种形式的联合办学，提出联合办学是克服我国高等教育管理体制的弊端，发展高等教育事业，提高教育质量和投资效益的重要途径。江苏省教育委员会根据这一精神，在《关于普通高等学校一九八九年工作要点》中提出：“继续推动高校实行多种形式的联合办学，提高办学效益。今年重点抓好苏州蚕专与苏州大学的联合、常熟职业大学与苏州师专的联合、徐州师专与徐州师院的联合、扬州6所高校联合、无锡纺织分院与有关高校的联合以及市属高校之间的联合。”江苏省教育委员会与常熟市委、市政府就苏州师范专科学校与常熟职业大学联合办学问题进行可行性商讨。当时，苏州师范专科学校“七五”末学生将达1500人，校园狭小成为制约学校发展的瓶颈，同时，专业单一，只有师范，适应不了地方经济社会发展对人才的需求。常熟职业大学经多年发展已初具规模，但学校属于地方性高校，以工科为主，毕业生由常熟市根据需要择优录用，早期毕业生就业多用常熟市农转非指标，后来常熟市建筑等专业毕业生又出现过剩，办学经费、校舍、设备、师资、招生、分配等方面都面临困难，制约学校持续发展。学校希望纳入正规办学。苏州师范专科学校和常熟职业大学两校合并，优势互补，达到双赢。

6月13日，常熟市委常委会专题研究常熟职业大学与苏州师范专科学校联合办学省市联合办学问题，会议研究了联合办学的指导思想、学校的校名、学校性质和类别、联办形式、人事管理和经费、招生和分配、我市应有的几项权限、成人教育等问题，一致同意省市联合办学。会后，常熟市委、市政府多次与江苏省教育委员会协商推动联合办学工作。

1989年6月1日，江苏省教委、常熟市政府在常熟中巷招待所举行苏州师范专科学校、常熟职业大学联合办学协议签字仪式。省教委高教局局长冒瑞林、计财处处长时家俊、人事处处长葛晓华；常熟市委、市政府领导周福元、戚李生、芮福明、范国华；常熟职业大学和苏州师专校领导出席了签字仪式。冒瑞林局长、范国华副市长分别代表省教委、市政府在协议上签字。

8月24日，国家教育委员会发文（〔89〕教计字139号）给江苏省人民政府，同意苏州师范专科学校和常熟职业大学合并建立“常熟高等专科学校”，由江苏省和常熟市双重领导，以省为主，办学经费由省负责安排；学校最大规模在校生2500人（其中师范类1500人，非师范类1000人），近期规模为1600人，专业设置由省视需求情况自定。

9月27日，江苏省人民政府给江苏省教育委员会发出《关于建立常熟高等专科学校的批复》（苏政复〔1989〕99号）：“1989年6月26日请示悉，经国家教委批复，同意将常熟职业大学与苏州师范专科学校合并建立常熟高等专科学校，同时撤销常熟职业大学和苏州师范专科学校建制。现将有关问题批复如下：一、常熟高等专科学校为省属普通高校，实行省、市（常熟市）双重领导，以省为主的领导体制，由省教委主管。二、常熟高等专科学校最大规模在校生为2500人（其中师范类1500人，非师范类1000人），近期规模为1500人，原两校设置的专业暂不变动，今后视需求情况逐步调整。原常熟职业大学1987、1988年招收的314名学生，仍按原计划培养至毕业，颁发常熟高等专科学校文凭，1989年起招收的学生列入省统招统配计划。”

10月12-14日，两校合并工作小组会议在常熟召开，冒瑞林主持会议，具体落实常常熟职业大学与苏州师范专科学校合并事项，并部署工作。

10月18日，江苏省教育委员会发出《关于常熟职业大学与苏州师范专科学校合并建立常熟高等专科学校的通知》（苏教计〔89〕221号），同意常熟市职业大学与省属苏州师范专科学校合并，建立常熟高等专科学校。常熟高等专科学校为省属普通高校，实行省、市（常熟市）双重领导。为做好两校合并建立新校的工作，成立合并工作领导小组，冒瑞林任组长，范国华、李椿任副组长。合并工作领导小组下设教学、组织人事和总务三个小组。根据江苏省教育委员会与常熟市人民政府签订的《关于联合创办常熟高等专科学校的协议》规定：“①成立常熟高等专科学校董事会，成员9人，江苏省教育委员会3人，苏州市1人，常熟市3人，常熟高等专科学校2人；董事会主要商讨学校的发展规模、总体规划、基本建设、专业设置及办学中的重大问题。②学校发展最大规模2500人（师范类1500人、非师范类1000人）。③苏州师范专科学校老校址曾园、赵园搬迁。”

11月15日，省委组织部和省委高校工委考察组来校考察学校领导班子，并听取了常熟市委、苏州市委组织部的意见。

1990年1月8日，由于苏州师范专科学校和常熟职业大学合并，苏州市广播电视大学常熟分校从常熟职业大学划出。

2月12日，中共江苏省教育工委发出《关于常熟高等专科学校校级领导干部任职和校党委组成的通知》。2月25日，江苏省教育委员会副主任林敏端等来常熟宣布常熟高等专科学校领导干部任职和机构设置。3月19日，原苏州师范专科学校党政各部门正式搬迁至原常熟职业大学元和校址办公。3月27日学校举行常熟高等专科学校揭牌仪式，江苏省副省长杨泳沂、苏州市副市长周大炎、江苏省政府办公厅李一宁、江苏省教委政策研究室主任朱云隆、常熟市委书记周福元、市长周德欣、副市长范国华、孙坤宝等领导来学校参加揭牌仪式，学校领导以及学校各部门代表出席揭牌仪式。

两校合并后，学校面积397亩（原常熟职业大学172亩，原苏州师范专科学校老校址曾园、赵园69亩，元和分部84亩，农场72亩）；校舍总面积55242平方米，图书馆藏书38万册，中外期刊1600余种。学校有400米跑道的运动场、游泳池等体育设施，还有印刷厂、电器厂、机电厂及校办农场。在校生1141名，教职工528人。师范类专业9个，非师范类专业7个。

1990年5月14日，成立常熟高等专科学校董事会，成员为江苏省教育委员会副主任冒瑞林、人事处长葛韶华、财务处长时家俊、苏州市教育局长张旺健、常熟市副市长孙坤宝、常熟市教育局长朱树中、常熟高等专科学校党委书记李椿、校长赵振威；董事长冒瑞林，副董事长李椿。1990年5月24日召开常熟高等专科学校第一次董事会会议，形成《会议纪要》提出：“①常熟高等专科学校办学指导思想：稳定规模，调整结构，深化改革，改善条件，提高质量，办出特色。②发展规模：1992年在校生1600人（师范类1200人，非师范类400人），2000年达到2500人规模。③专业调整：师范类9个专业，非师范类7个专业；要加强和发展机械制造、电气技术应用、工艺美术三个专业；拟撤销工业民用建筑专业，财会专业可发展为建筑财会专业，工业外贸专业可发展为外贸英语专业，加强工艺美术专业，可再发展装潢美术和服装设计专业。④综合性的专科学校办出特色：师范类专业加强应用方面的教学，办夜大学等形式为常熟市培养多方面人才。⑤关于原苏州师范专科学校老校址搬迁：曾园1990年前交还，赵园迟两年归还。”

学校制订十年规划和“八五”规划。十年规划提出总目标要建立起有自己特色的、能够适应社会主义现代化需要的、体现“三个面向”的综合性专科学校的办学模式，尽快达到国家教委规定的设置规模，办学质量达到省内专科学校先进水平，为基础教育和基层事业单位培养合格的，受社会欢迎的专科人才，把学校建设成方向坚定、质量上乘、管理先进、社会欢迎、具有特色的专科学校。1990年5月学校制订《学校事业发展规模》，提出：①学校规模在校生2500人，近期1600人，到1995年在校生以2060人，其中师范类1260人，非师范类800人，每年招生约870人。利用师资、设备优势，举办机械、电气、外贸、财会、档案、企管等夜大班。②教职工编制，1995年全校教职工总数为640人，教职工与学生比例1：4，现有教职工总数528人，尚缺112人，需通过逐步引进和毕业生分配予以解决。③实验室建设，师范类实验室按国家规定标准尚缺220万元，非师范类实验室约缺260万元，合计设备费需480万元。

1991年国家教委在湖南召开了以加速师范标准化建设为中心的会议，决定1992年在江苏省召开以“加速建设，深化改革”为主题的第三次会议。1992年2月，学校制订《常熟高等专科学校师范类标准化建设实施方案》，提出指导思想是“坚持方向，深化改革，调整结构，提高质量”；总目标是建立起具有常熟高专特色、在本省具有先进水平的、适应基础教育发展需要的师范专科教育体系，为地方普教事业培养合格的初中教师；主要目标一是适应社会需要，确立培养规格，二是突出师范特点，体现“高专”特色，三是健全管理机制，加强学校管理。根据方案，学校全面加强标准化建设。1992年12日，全国师专“加速建设、深化改革”座谈会在江苏举行。26日，参加座谈会南路考察的代表75人在省教委副主任葛锁网等陪同下到达常熟。 27日，代表们在虞山饭店听取校长赵振威《坚持方向、立足改革，培养合格人才，服务经济建设》的汇报，并驱车来学校参观。座谈会上，与会代表对学校办学给予高度评价，指出常熟高等专科学校走综合办学之路，将教学与经济、师范与非师范结合起来，适应改革开放的需要，为农村中学培养合格教师，为乡镇企业输送合格的科技人才，增强了学校的功能，为全国师专、工专的建设和改革起了示范作用。12月1日，国家教委师范司金司长来学校视察，称赞说：“常熟高专建设得很好，规划得很好，学校管理得好。”“常熟高专学生的动手能力强，基本功扎实，所以受到用人单位好评”。

1992年6月28日至29日，学校第二次董事会会议召开，董事长、省教委副主任冒瑞林主持会议，董事会对两校成功合并发展给予高度评价，认为：“两校合并以来，常熟高专立足社会需要，积极深化改革，落实德育首位，加强校风建设，完善规章制度，实行科学管理，坚持勤俭办事，改善办学条件等方面取得了很好的成绩。”董事会提出今后学校办学指导思想是坚持方向，主动适应，面向实际，办出特色，深化改革，提高质量，争创全省一流的专科学校。会议认为，按照学校十年规划和八五规划，到1995年在校学生应达2000人的发展规模；同意在机械系设置机电一体化新专业，并创造条件，在理科和工科各专业强化微机课程，在工美系实施积木式课程教学（即在二年基础课程学完后，按社会需要在第三年进行不同方向的专业教学）；决定为赵园尽早搬迁积极创造条件；要求学校发展成人教育。

至1993年学校有9个系18个专业，在校生2106名。1994年学校第三次董事会议评价学校：“在‘八五’期间走联合办学之路，经过标准化建设，综合改革，规模有了很大发展，教育质量得到较大提高，结构更趋合理，为经济建设服务，办学效益显著，是联合办学搞得比较好的一所学校。”

学校经过标准化建设，至1995年，有9个系22个专业和专业方向，其中师范本科专业1个（数学），师范专科专业11个，非师范类专科专业10个。在校学生2260人，比两校合并时翻了一番。成教部有财会、法律、外贸英语、计算机数据信息管理、音乐教育等专业。学校建筑面积扩至7.6万平方米，实验设备价值700多万元，图书馆藏书40万册。全校教职工518名，专任教师224名，其中高级职称56名，中级职称157名。

1995年5月14日，学校第四次董事会会议就学校争创示范性高专和今后发展方向进行讨论，希望学校要立足专科层次，适当向上延伸，有条件的师范类专业积极开设本科班。特别指出，作为综合性高专，学校要逐步形成以普通高等教育为主，高等职业教育、成人高等教育等多种形式并存的办学模式；发挥各学科、专业交叉渗透、组合便利、适应面广的综合性优势，为地方培养更好的教育人才、应用型人才和技艺型人才，以一流综合性高专的面貌参加示范性高专的评估和评审。

1995年11月21日，学校成立校“九五”规划和“2010年发展规划”领导小组和起草小组，许霆任组长。学校提出“九五”规划的目标是，立足苏南、面向全省、抓住机遇、加快发展，以创建示范性高专提高学校办学水平，以发展师范本科提高办学层次，建立本科师范学院。

1996年2月29日，学校第五次董事会会议审议学校“九五”规划，提出要立足常熟，面向全省，主要为苏锡常地区服务，师范类培养初中的合格教师和骨干教师，非师范类培养应用型紧缺人才，不断提高办学水平，建成示范性高专。进一步推进联合办学，办好并逐步增加本科专业，提高办学层次和办学质量，为2000年左右发展成本科院校打好基础。

1996年11月18日，江苏省教育委员会《关于对常熟高等专科学校‘九五’规划有关事项的批复》提出：“‘九五’期间，你校的任务和目标主要是立足苏南，承担培养中学阶段教师和发展高等职业教育双重任务，努力把学校建成在教育质量、科技开发、管理水平和办学特色方面起示范、带头作用的普通高等专科学校。”“到2000年你校普通高等教育在校生总数为3000人，其中本科生2100人，专科生900人，成人高教在校生1200人左右。”

学校经过争创示范性高专，规模有了很大发展，结构更趋合理，办学效益显著。至1997年，有9个系21个专科专业，其中师范类10个，非师范类11个；与苏州大学、常州技术师范学校联办本科专业9个。在校学生2800多人，另有成教部设有7个专业函授、夜大班和脱产班，学员400多人。与有关高校联办8个专业的专升本函授班，1个研究生学历课程班。校舍总建筑面积9万平方米，教学设备总值810多万元，藏书40多万册。教职员工600多人，其中专任教师260多人，高级职称80多人，中级职称170多人。学校已形成以师范本科为主，职业高等教育和成人高等教育多种形式并存的办学格局。

1998年3月3日，学校第六次董事会会议召开，董事长、省教委副主任冒瑞林主持会议，董事会同意学校举行四十周年校庆，以展示办学成果，争取社会各界支持，推进学校事业发展。暑假，学校收到江苏省主管副省长题词：“加快发展，提高质量，为苏南现代化建设服务。”省教委主任陈万年题词：“百年大计，教育为本”。11月8日，学校举行建校四十周年庆典，江苏省委教育工委书记、省教委主任陈万年，省教委副主任、学校董事长冒瑞林，苏州市委副书记冯瑞度，常熟市市长胡正明，市委副书记戈炳根等到会祝贺。教育部、江苏省人民政府、江苏省教育委员会、苏州市人民政府、苏州市教育委员会、中共常熟市委、市政府以及原苏州师范专科学校首任校长主纪先等发来贺信、贺电。

2001年1月，经江苏省人民政府批复，将江苏省人口学校成建制地并入常熟高等专科学校，同时撤销江苏省人口学校建制。